这种现象发生时，在雨水下渗以后，可以立即使用井水对大棚进行区域性灌溉，灌溉量越大越好，用洁净井水冲洗 雨水带来的硝酸盐，随后进行提温划锄以消除危害。第二定植作物以后出现雨水倒灌。如果进水量较大，应该首先及时进行排水，2-3天以后进行“中耕跑墒”。然后使用72.2%霜霉威盐酸盐、25%嘧菌脂或58%甲霜灵锰锌等800—1000倍液灌根，灌根时每桶水加HA钾30克，以促进根系生长。中耕后的表土开始干燥时，使用井水灌溉冲洗土壤，切忌排水以后立刻用井水灌溉，避免出现沤根现象。
在大棚的周围通常存放着大量的生产废弃物如：枯枝落叶、腐烂的果实等。附着在废弃物上的病原菌在病残体上大量繁殖以后，随着病残体的进一步腐烂残存在土壤表土中。在降雨时形成的地面径流一旦涌入大棚，在土壤表层的病残体以及病原菌会随水一起进入大棚，被雨水浸泡的大棚土壤病原菌基数呈几何倍数增长，土壤中病原菌的突然增加，增加了根部病害爆发的几率。因此在保护地种植过程中，一旦出现被雨水浸泡现象，应该及时“划锄跑墒”。在预防沤根的同时，及时处理土壤预防蔬菜根部病害的爆发。处理土壤所用的农药有多菌灵、络氨铜500倍液、85%三氯异氰尿酸等1000倍液，进行灌根处理；也可以使用25%的氰烯菌脂2500液进行叶面喷雾处理。当土壤相对持水量达到75%时，要及时用洁净的井水浇灌大棚中的作物，尽快消除雨水对保护地带来的不良影响。
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